Ghost in the Shell : Arise - Alternative Architecture

En l'an 2027, un an après la fin de la Quatrième Guerre Mondiale  non-nucléaire. Une bombe explose à Newport City, tuant un marchand d'armes majeur qui pourrait avoir des liens avec la mystérieuse Organisation 501.
L'officier Daisuke Aramaki de la Sécurité Publique, engage alors Motoko Kusanagi pour enquêter sur cette affaire. Elle sera secondée par Batou, qui croit qu'elle est une criminelle, Togusa, un détective de la Préfecture de Niihama, qui enquête sur une série de meurtres de prostituées selon lui liés à l'incident, et le lieutenant-colonel Kurtz de l’Organisation 501 qui souhaite garder un œil sur Kusanagi.